農(nóng)業(yè)生產(chǎn)是一個開放的系統(tǒng)，影響農(nóng)產(chǎn)品安全生產(chǎn)的因素眾多，歸納起來，主要包括以下幾個方面：
1、產(chǎn)地環(huán)境
工業(yè)排放的廢氣、廢水、廢渣、未經(jīng)處理的城市和鄉(xiāng)村污水等含有的有害物質(zhì)造成產(chǎn)地環(huán)境中空氣、水和土壤的污染，通過植物的吸收和富集作用，引起農(nóng)作物中鉛、鎘、汞、砷等重金屬元素超標，苯并芘等有機物和沙門氏菌、蛔蟲卵等有害生物污染，影響產(chǎn)品質(zhì)量安全。此外，工業(yè)“三廢”含有的酸、堿等有害物質(zhì)也會影響作物的正常生長發(fā)育，造成農(nóng)產(chǎn)品減產(chǎn)甚至絕收。
2、農(nóng)業(yè)投入品
使用不合格的農(nóng)業(yè)投入品會造成農(nóng)作物減產(chǎn)、絕收、品質(zhì)變劣，破壞農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境。如使用假種子、純度低的種子會造成作物減產(chǎn)，使用含有檢疫性病、蟲、雜草的種子，會破壞農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境；使用有效成分含量不足的農(nóng)藥、化肥，會造成農(nóng)作物減產(chǎn)；使用重金屬超標的化肥，會污染農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境，影響農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全。
3、耕作制度
耕作對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和生態(tài)環(huán)境會產(chǎn)生兩方面的影響。一方面，合理的耕作制度能夠充分利用當?shù)氐墓?、熱條件，增加光能利用率，在實現(xiàn)農(nóng)產(chǎn)品增產(chǎn)增收的同時，對環(huán)境也產(chǎn)生有利的影響，如合理的耕作措施能夠提高綠色覆蓋率，增加生物多樣性；農(nóng)田水利設施的修建及合理使用有利于水土保持；秸稈還田能夠增加土壤有機質(zhì)等。
另一方面，不合理的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)方式會對環(huán)境造成不利影響甚至是危害，如土地資源的過度開發(fā)和不合理利用，導致自然環(huán)境被破壞，引起水土流失、土壤肥力下降等問題；干旱半干旱區(qū)過度發(fā)展灌溉農(nóng)業(yè)，引起草場退化，甚至土地荒漠化；半干旱區(qū)灌溉農(nóng)業(yè)，采取漫灌等不合理的灌溉方式，可導致土地鹽漬化。
4、生產(chǎn)管理
合理的生產(chǎn)管理措施和栽培技術(shù)是農(nóng)產(chǎn)品安全生產(chǎn)的基礎，是確保農(nóng)產(chǎn)品增產(chǎn)增收、優(yōu)質(zhì)安全的基本保障。不合理的生產(chǎn)管理措施不但會造成作物大面積減產(chǎn)，還會對環(huán)境產(chǎn)生不利影響。
